Con ordinanza emessa in data 18.8.1990 - al termine di istruttoria svolta con il rito formale, secondo la disciplina del Codice di Procedura Penale del 1930 - Capuano Marcello, Fosso Antonino, Lojacono Alvaro, Novelli Luigi, Padula Sandro e Petrella Marina venivano rinviati a giudizio dinanzi alla Corte di Assise di Roma per rispondere delle seguenti imputazioni:
Lojacono, dell'omicidio di Riccardo Palma e dei reati connessi nonché degli omicidi di Oreste Leonardi, Francesco Zizzi, Raffaele Iozzino. Domenico Ricci e Giulio Rivera, del tentato omicidio di Alessandro Marini, del sequestro e dell'omicidio dell'On. Aldo Moro e dei reati connessi;
Fosso, di lesioni volontarie aggravate in danno di Giuseppe Macagna e di detenzione e porto illegali di una pistola cal. 7,65 parabellum; Capuano, di tentato omicidio in danno di militari dell'Arma dei Carabinieri e della rapina di una motovespa in danno di Maria Pia Cardella;
Padula, della contraffazione di una carta di identità intestata a Rantucci Giorgio;
Novelli e Petrella, di detenzione e porto illegali di armi, di ricettazione di una Colt. 45 e della contraffazione di una patente di guida intestata a Dini Memo.
All'esito dell'istruttoria dibattimentale e sulle conclusioni delle parti la Corte, con sentenza in data 1.12.1994, dichiarava Padula Sandro colpevole del reato ascrittogli e, ritenuta la continuazione con i reati già giudicati con sentenza della Corte d'Assise di Roma in data 24.1.1983, applicava sulla pena con questa inflitta un aumento di due mesi di reclusione, assorbito nell'ergastolo già irrogato; dichiarava Novelli e Petrella colpevoli dei reati loro ascritti e, ritenuta la continuazione tra i medesimi e con quelli giudicati con sentenza della Corte di Assise di Roma in data 12.10.88 per Novelli e con sentenza della Corte d'Assise di Roma in data 24.1.1983 per Petrella, applicava per ciascuno sulla pena inflitta un aumento pari a tre mesi di reclusione e lire 200.000 di multa, assorbito nell'ergastolo già irrogato; dichiarava non doversi procedere nei confronti di Fosso in ordine ad entrambi i reati ascrittigli per precedente giudicato, in relazione alla condanna di cui alla sentenza in data 1.10.1991 della Corte di Assise di Appello di Roma; dichiarava Capuano colpevole dei reati ascrittigli e, ritenuta la continuazione anche con quelli giudicati con sentenza della Corte d'Assise di Roma del 12.10.1988, applicava alla pena dell'ergastolo già inflitta la misura dell'isolamento diurno per un anno; dichiarava Lojacono colpevole dei reati ascrittigli e, ritenuta la continuazione anche con i reati già giudicati con sentenza della Corte d'Assise di Roma in data 24.1.1983 e considerata come violazione più grave il delitto di cui al capo 7 (l'omicidio degli agenti di scorta dell'On. Moro), lo condannava alla pena dell'ergastolo con isolamento diurno per un anno, ferme restando le pene accessorie e gli altri effetti penali della condanna; emetteva infine le altre statuizioni di legge comprese quelle sugli interessi civili, costituite dalla condanna di Lojacono al risarcimento di danni da liquidarsi in separata sede nei confronti delle parti civili Partito Popolare italiano, Cinzia Leonardi, Paolo e Giovanni Ricci, Pasquale e Ciro Iozzino, Esperina Pace, Angelo e Carmela Rivera, Carolina Di Lorenzo, Ileana Lattanzi, Maria Rocchetti, Agnese e Giovanni Moro, Presidenza del Consiglio dei Ministri, Ministero dell'Interno e Ministero di Grazia e Giustizia, e dalla condanna di Capuano al risarcimento dei danni da liquidarsi in separata sede in favore delle parti civili Presidenza del Consiglio dei Ministri e Ministero dell'Interno.
Per quanto riguarda la posizione del Lojacono in relazione alle imputazioni per i fatti di Via Fani la Corte - dato atto della sua militanza nella banda armata denominata "Brigate Rosse" non da semplice partecipe e della sua responsabilità per fatti specifici di quell'organizzazione (omicidio Tartaglione, attentato alla scorta dell'On. Galloni. ecc.), ormai accertate con autorità di giudicato da due sentenze della Corte di Assise di Roma, rispettivamente in data 24.1.1983 e 12.10.1988, e richiamata la ricostruzione operata dalle predette sentenze quanto alla dinamica dell'eccidio e del sequestro dell'On. Moro, alla composizione del nucleo operativo, al ruolo svolto da ciascuno nella fase dell'esecuzione - valutava a carico del prevenuto il "memoriale Morucci", giudicato attendibile e riscontrato dalle dichiarazioni di Barbara Balzerani nonché da quelle indirette della giornalista Carla Mosca, riferite alle indicazioni rilasciate da Mario Moretti nel corso di un'intervista, e da quelle di Anna Laura Braghetti e di Franco Bonisoli. Riteneva pertanto accertato che il Lojacono aveva partecipato materialmente ai fatti essendosi trovato, insieme a Casimirri, a bordo dell'autovettura Fiat 128 bianca collocatasi nella parte alta di Via Fani, sul lato destro e poco più avanti la Fiat 128 targata Corpo Diplomatico, con il compito di sbarrare la strada dopo il passaggio dell'On. Moro e della scorta; avendo inoltre, subito dopo l'eccidio, raccolto a bordo dell'autovettura Prospero Gallinari e scortato il veicolo con l'ostaggio fino al luogo del trasferimento del prigioniero a bordo del furgone; essendosi in seguito, dopo l'abbandono della Fiat 128 in Via Licinio Calvo, portato a piedi in Piazza delle Medaglie d'Oro per ivi partecipare, insieme a Casimirri ed a Balzerani, al recupero dei giubbotti antiproiettile, degli impermeabili e delle borse con le armi consegnate da Fiore e Bonisoli. Mentre per l'omicidio di Riccardo Palma considerava le dichiarazioni della Faranda secondo le quali l'omicidio del Magistrato, sollecitato dai militanti detenuti, era stato organizzato ed eseguito, dopo l'approvazione da parte del Fronte Nazionale della Contro, dal settore romano della Contro, composto all'epoca, oltre che dalla stessa Faranda, da Gallinari, Casimirri, Algranati, Lojacono e da un sesto individuo che aveva il compito di sparare e che all'ultimo momento non se l'era sentita di farlo, determinando l'intervento di Gallinari designato a ruolo di copertura ravvicinata.
Quanto a Padula riteneva prova sufficiente di responsabilità in ordine al reato ascrittogli le risultanze del verbale di arresto in merito al possesso della carta di identità falsificata ed alla circostanza che l'imputato aveva declinato le generalità del suo intestatario.
A carico di Novelli e Petrella valutava la circostanza della loro sorpresa, al momento dell'arresto, in possesso delle armi e dei documenti falsi.
E, per Capuano, considerava le emergenze del rapporto dei Carabinieri sull'incontro in Via S. Francesco a Ripa, sulla sparatoria seguitane, sull'arresto di Cappelli e sulla fuga dell'imputato, tratto in arresto subito dopo in Via della Luce mentre era ancora in possesso della pistola.
Avverso la sentenza proponevano appello i difensori di Capuano, Petrella e Lojacono avanzando le seguenti istanze modificative: assoluzione per non aver commesso il fatto o perché il fatto non sussiste in relazione al tentativo di omicidio o, in subordine, esclusione dell'aggravante di cui all'art. 112 n. 1 C.p. e dell'ipotesi del concorso ai sensi dell'art. 110 C.p., derubricazione dell'imputazione di rapina della motovespa in quella di furto, determinazione della pena applicata a titolo di continuazione in misura inferiore a quella di cinque anni di reclusione, con esclusione dell'inasprimento della pena dell'ergastolo, e concessione delle attenuanti generiche, per Capuano; concessione delle attenuanti generiche e riduzione della pena inflitta, per Petrella; declaratoria di nullità del decreto di citazione a giudizio in quanto notificato irritualmente come latitante ai sensi dell'art. 173 C.p.p 1930 e dell'ordinanza dichiarativa della contumacia e, nel merito, assoluzione da tutti i reati per non aver commesso i fatti o, in linea subordinata, concessione delle attenuanti generiche per Lojacono.
Al dibattimento - celebratosi, con rinnovazione parziale dell'istruttoria ai fini dell'interrogatorio di Etro Raimondo nella veste di imputato di reato connesso e della escussione di Rossana Rossanda, nelle udienze del 3 e del 29 maggio e del 3 giugno 1996, in assenza per rinuncia del Capuano e nella contumacia degli altri imputati - le parti civili, il Procuratore Generale ed i difensori rassegnavano le conclusioni trascritte nel relativo verbale.