Negli anni '60 è iscritto all'obbedienza massonica di Piazza del Gesù nella fazione che faceva capo al Gran Maestro Ceccherini. Quando nel 1973 i seguaci di Ceccherini si unirono con il Grande Oriente d'Italia di Palazzo Giustiniani la loggia a cui Mandalari apparteneva rifiutò inizialmente il trattato di unificazione. Non è chiaro se a causa di ciò Mandalari fu allontanato dall'obbedienza. Per quasi 25 anni non risulta ufficialmente iscritto a nessuna loggia ma risulterebbe appartenere a logge coperte e irregolari. Inizia quindi la collaborazione con Totò Riina e per questo viene arrestato un paio di volte e quindi rimesso in libertà. L'elenco delle società amministrate da lui è lunghissimo: quelle che fanno capo ai Vernengo, ai Badalamenti, a Giuseppe Giacomo Gambino, ai Greco, a Diego Madonia e a molti altri boss. Le società amministrate gestivano anche il denaro di alcuni sequestri di persona dell'Anonima Liggio". Nel '72, Mandalari era stato in lista col Movimento sociale italiano, insieme al sottosegretario alla Difesa del primo governo Berlusconi Guido Lo Porto. Nella massoneria ha il grado 33. Viene arrestato nel dicembre '94. L'accusa contestatagli è "di aver gestito attività economiche di esponenti di Cosa Nostra tra i quali Riina Salvatore... avvalendosi anche della solidarietà che il vincolo massonico comporta". Sono stati accertati collegamenti tra la loggia massonica Iside di Trapani e la loggia di Palermo, sita in Via Filippo Cordova, il cui sovrano è Mandalari.