Michael Baigent è nato nel marzo del 1948 a Christchurch in Nuova Zelanda. È cresciuto a Motueka e Wakefield, che sono delle piccole comunità scarsamente popolate sull'Isola del Sud della Nuova Zelanda. La sua educazione è stata cattolica, e frequentava la chiesa tre volte a settimana, oltre ad essere guidato nella teologia cattolica a partire dall'età di 5 anni. Suo padre, un insegnante di nome James Stuart Baigent, ha lasciato la famiglia quando aveva 8 anni, e Baigent ha preso il nome del suo nonno materno, Lewis Baigent. Il suo bisnonno aveva fondato una società forestali, "H. Baigent e Figli". La sua scuola secondaria è il Nelson College, e poi si trasferisce a l'Università di Canterbury a Christchurch, inizialmente ha l'intenzione di continuare a studiare la scienza e proseguire la carriera familiare nelle foreste, ma poi passa a studiare la religione comparata e la filosofia, studia anche il buddismo, l'induismo e il cristianesimo. Ha viaggiato in Australia e nel Sud-Est asiatico. Poi tornò a Auckland, doce ricevette una laurea in Psicologia. Baigent ha lavorato brevemente nel reparto fotografico della BBC e la notte faceva i turni presso una fabbrica di soft-drink. Più tardi nella vita, Baigent guadagna un master in esperienza mistica e religiosa presso l'Università di Kent.

È un massone e un grande ufficiale della UGLE (United Grand Lodge of England), è stato redattore della Freemasonry Today dall' aprile 2001, che ha utilizzato come una piattaforma per un approccio più liberale alla massoneria. È un fiduciario del Canonbury Masonic Research Center. Attualmente vive nel Somerset con sua moglie Jane, con cui ha avuto due figlie, una di esse si chiama Tansy nal 1986.

Baigent fa interpretazioni della storia a volte ostili da attirare critiche da studiosi e storici. Come ad esempio Bernard Hamilton e Piers Paul Reid, che criticarono gli argomenti e le notizie sull'inquisizione nel libro L'inquisizione. Persecuzioni, ideologia e potere